Đó là trạng thái ức chế đồng đều cả nơron thần kinh cảm giác lẫn nơron thần kinh vận động, bắt đầu từ vỏ não. Khác với thư giãn thông thường, thiền định có tác dụng điều chỉnh lớn đến mọi hoạt động của cơ thể, tạo lập sự cân bằng nội môi, cân bằng cơ thể với môi trường sống, kiểm soát quan hệ giữa cơ thể và môi trường. Vì thế, ngoài tác dụng thư giãn, thiền định còn có tác dụng phòng và chữa các bệnh do mất cân bằng các chức năng cơ thể, mà chủ yếu là mất cân bằng giữa tuần hoàn máu và thần kinh.

Tác dụng thư giãn của thiền định có được là do người tập điều khiển vỏ não, chủ động ức chế hệ thần kinh động vật (thần kinh chủ động như vận động tay chân), từ đó dẫn đến ức chế hệ thần kinh thực vật (thần kinh tự động chỉ huy tim đập, phổi thở, thận bài tiết..) mà trước tiên là trung khu hô hấp, làm giảm nhịp thở kèm theo buông lỏng cơ. Khi đã ức chế sâu, thư giãn cơ sâu thì nhịp thở giảm, năng lượng tiêu hao xuống tối thiểu, cơ thể rơi vào tình trạng vô thức, hô hấp trên từng tế bào của cơ thể đều giảm đến mức tối thiểu. Nhờ vậy những người luyện tập thiền đúng thì ăn ít nhưng cơ thể vẫn khoẻ mạnh. Còn các thầy trong các thiền viện chỉ cần ăn một bữa mà vẫn lao động, sinh hoạt bình thường.

Tác dụng của thiền đối với sức khoẻ có thể tóm tắt như sau:

• Thiền làm giảm stress: Cuộc sống luôn gặp những điều không suôn sẻ “đời là bể khổ, tình là dây oan”. Khó khăn về tài chính (mất việc, kinh doanh thua lỗ), mâu thuẫn trong công việc (bạn đồng nghiệp chơi xấu, sếp không ưa giao việc nặng, việc khó), gia đình xào xáo (chồng hoặc vợ ngoại tình), con cái không ngoan…Tất cả tạo sự căng thẳng kéo dài (stress). Các nhà khoa học ở Đại học Harvard (Mỹ) đã công bố rằng 60-80% bệnh nhân đến gặp bác sĩ là do những bệnh mà stress gây ra. Những vụ nổ súng, tự tử, đâm chém nhau…hầu hết do rối loạn tâm lý, do stress của cuộc sống. Thiền đưa não bộ về trạng thái vô thức, xua tan phiền não chính là làm giảm stress- nguyên nhân gây ra bệnh tật và tâm lý bất thường.
• Thiền giúp ngủ ngon: Đông y và các thiền sư đều thống nhất rằng: tâm đi ngủ trước rồi thân mới ngủ theo. Buổi chiều thiền, não bộ được “gột rửa” những căng thẳng trong ngày, ban đêm chắc chắn sẽ ngủ ngon.
• Thiền kiểm soát sự tức giận: Tức giận máu sẽ dồn lên não, nếu đang bị cao huyết áp có thể gây tai biến mạch não, máu lên não thì tim thiếu máu, nếu đang sẵn có bệnh tim có thể xảy ra nhồi máu cơ tim. Đông y nói: nộ thương gan muốn chỉ giận dữ dễ gây bệnh gan. Chưa kể giận sẽ kích thích thần kinh đến dạ dày, làm tăng bài tiết acid dẫn đến viêm loét dạ dày… Các cơ quan khác như tuyến giáp, tuyến thượng thận, tuyến sinh dục đều bị xáo trộn. Thiền thường xuyên sẽ làm dịu thần kinh, kiểm soát cơn nóng giận.

Thiền làm giảm huyết áp

Thiền là cách chữa bệnh tự nhiên tốt nhất cho người bị huyết áp cao. Nó làm tăng sức mạnh kiểm soát cảm xúc nên thiền đều đặn sẽ không nóng giận, mà nóng giận làm tăng huyết áp. Khi thiền định nhịp tim sẽ hạ thấp xuống, bảo đảm một trạng cân bằng để huyết áp ổn định.

Thiền làm trẻ hóa não bộ

Các nhà khoa học ở Đại học Harvard(Mỹ) đã chụp cắt lớp MRI (Magnetic Resonance Imaging) não của những thiền sư và thấy  rằng, thiền định là cách tốt nhất để kìm lại quá trình lão hóa, không chỉ thể hiện ra ngoài thân thể, trên làn da, mái tóc, tác phong mà luôn “làm sạch” bộ não. Nếu có những chấn động, những tổn thương thì thiền giúp tế bào não phục hồi các thương tổn. Các thiền sư đều trẻ hơn tuổi thật là nhờ vậy. Tiến sĩ Elizabeth Blackburn là người đoạt giải Nobel Y Khoa năm 2009 vì đã tìm ra nhiễm sắc thể của con người được bảo vệ bởi "telomere", là một cấu trúc nằm ở đầu nhiễm sắc  thể. Theo năm tháng telomere bị cắt ngắn dần, nếu bị stress thì telomere bị cắt ngắn nhanh hơn và bệnh tật cũng từ đó mà phát sinh. Elizabeth Blackburn còn phát hiện ra enzym telomerase giúp bảo vệ telomere, ở những người thiền định đều đặn thì enzym telomerase tăng cao nên họ ít mắc bệnh và trẻ lâu.

Thiền giúp chữa bệnh đường hô hấp: Khi thiền định là ta thở chậm và đều đặn. Điều này có nghĩa là  đang hít ôxy nhiều hơn vào hệ thống hô hấp, nó rất có lợi cho những người bị rối loạn hô hấp, bị hen suyễn.

Thiền cải thiện khả năng miễn dịch: Miễn dịch muốn nói tới khả năng đề kháng của cơ thể đối với bệnh tật. Có người bị cảm do virus chỉ lướt qua rồi tự khỏi là do sức đề kháng tốt, trái lại có người cảm rồi bị viêm phế quản phải dùng kháng sinh cả tuần mới hết sốt, nhưng vẫn chưa dứt ho. Thiền đều đặn mỗi ngày sẽ giúp lấy được nhiều oxy vào cơ thể, những tế bào miễn dịch được cung cấp đủ oxy sẽ “khoẻ mạnh” và hoạt động hiệu quả hơn.

Thiền giúp cải thiện trí nhớ: Căng thẳng sẽ giết chết hàng triệu tế bào thần kinh, làm suy giảm trí nhớ ngay cả với người trẻ. Thiền giúp giảm căng thẳng nên có tác dụng cải thiện trí nhớ. Với người cao tuổi thiền sẽ hạn chế sự xuất hiện của bệnh Alzheimer (lú lẫn) và tình trạng hay quên.

Ở Mỹ một số trường phổ thông và Đại học đã đưa thiền định trở thành một môn giống như môn thể dục của ta. Họ thấy sinh viên, học sinh được thiền 3 buổi một tuần thì số vụ đánh nhau giảm 50%, trong khi thành tích học tập lại tăng lên rõ rệt. Các doanh nhân, người làm việc văn phòng, học sinh, sinh viên hay tất cả những người bệnh đều nên tập và thực hành thiền định. Giữa cuộc sống hối hả này, thiền là một trong những biện pháp tăng cường sức khoẻ và cũng là bí quyết trường thọ.