Giữa năm 1998, bằng thủ đoạn gian dối, khai khống tăng giá trị xuất khẩu, Huỳnh Liên Thuận cùng đồng bọn đã nhập lậu 11.704 xe gắn máy trị giá 11,7 triệu USD.

Cũng từ năm 1998, bị can Thuận đã chỉ đạo chi nhiều khoản trái qui định lên tới 63 tỉ đồng. Theo sổ sách của công ty thì từ năm 1998 đến tháng 2-2002, Thuận đã chỉ đạo lấy tiền từ quĩ công ty chi cho 41 nhân vật (trong đó có 30 triệu đồng cho một cán bộ quản lý thị trường TP.HCM và 66 triệu đồng cho bà Nguyễn Kim Phượng ở Bộ Thương mại).

Huỳnh Liên Thuận đã chỉ đạo phòng kế toán (kế toán trưởng Đặng Thị Ngọc Dung và phó phòng Trần Thị Huyền Anh) và các nhân viên khác mua hóa đơn vận chuyển khống để hợp thức hóa các khoản chi này. Tổng cộng hành vi cố ý làm trái của Thuận cùng đồng bọn đã gây thiệt hại trên 26,4 tỉ đồng. Bản thân bị can Thuận tham ô số tiền 1,9 tỉ đồng.

Đặc biệt, dưới sự trợ giúp của Lê Văn Thắng (nguyên cán bộ Công ty Hỗ trợ phát triển dân tộc miền núi), Huỳnh Liên Thuận đã dùng trên 3 tỉ đồng để đưa hối lộ nhằm chạy án cho việc phạm tội của mình.

Lần thứ nhất vào năm 1998, khi Vũng Tàu Sinhanco bị các cơ quan chức năng phát hiện hai vụ sai phạm (vụ buôn lậu 120 bộ linh kiện xe hai bánh dạng CKD và vụ nhập khẩu bột ngọt ghi sai xuất xứ hàng hóa để trốn thuế), Thuận đã móc với Thắng (lúc đó còn là nhân viên hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu) để tìm người “giải quyết” không bị truy cứu hình sự. Thắng đã nhận 90.000 USD (tương đương 1,3 tỉ đồng) và nhờ Nguyễn Thanh Hải (còn gọi là Hải “đại nhân”) và Nguyễn Bá Thúy (làm việc tại Công ty Bình Minh, Bộ Công an) giúp đỡ.

Theo lời khai của Hải, Hải đã nhận tiền của Thuận để đưa cho ông Trần Trí (lúc đó là cán bộ công tác tại Cục An ninh điều tra) 400 triệu đồng và 5.000 USD để nhờ chạy án.

Lần đưa hối lộ thứ hai vào giữa năm 2002, khi Huỳnh Liên Thuận bị Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an triệu tập làm việc về hành vi liên quan đến việc đưa tiền cho Phạm Văn Phương (tức Phương Vicarrent, đã bị xét xử với hình phạt 27 năm tù) và việc trao đổi hàng hóa với Lào. Lo sợ bị khởi tố, Thuận đã liên hệ với Thắng (lúc này đã chuyển ra Hà Nội làm tại Công ty Hỗ trợ phát triển dân tộc miền núi). Thắng lại liên lạc với Hải, Hải lại gặp Trí và Trí đề nghị chi 60.000 USD. Theo lời khai của Thắng thì Thắng đã nhận của Thuận 1,7 tỉ đồng để đưa hết cho Hải “đại nhân”. Tuy nhiên, Hải chỉ thừa nhận có nhận 1,2 tỉ đồng và đưa cho Trí 22.000 USD, số còn lại vợ Hải cất giữ.

Ngoài ra, theo kết quả điều tra còn xác định từ năm 1998-2002, Thuận đã chỉ đạo cho Đặng Huyền Đức (nhân viên phòng kế hoạch tổng hợp) làm giả hợp đồng kinh tế và các chứng từ khác, trốn thuế nhập khẩu 4,1 tỉ đồng trong 68 bộ hồ sơ nhập khẩu linh kiện xe gắn máy. Giữa năm 2002, Đặng Thị Ngọc Dung (kế toán trưởng) đã chỉ đạo cho hai phó phòng kế toán Nguyễn Ngọc Dung và Trần Thị Huyền Anh tiêu hủy tất cả tài liệu sổ sách có liên quan tiêu cực tại Sinhanco.

Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an đã hoàn tất kết luận, đề nghị VKSND tối cao truy tố 22 bị can trên tổng số 31 người đã bị khởi tố. Trong đó, nguyên giám đốc Sinhanco Huỳnh Liên Thuận bị đề nghị truy tố về năm tội: cố ý làm trái, buôn lậu, đưa hối lộ, tham ô và trốn thuế.

Đối với ba bị can Lê Văn Thắng, Nguyễn Bá Thúy, Nguyễn Thanh Hải đã nhận hơn 3 tỉ đồng đưa hối lộ của Huỳnh Liên Thuận để “chạy án” bị đề nghị truy tố về tội “lừa đảo”. Các bị can khai đưa tiền cho ông Trần Trí, cán bộ Cục An ninh điều tra Bộ Công an, tổng cộng 400 triệu đồng và 27.000 USD để lo vụ này nhưng do ông Trí không thừa nhận nên cơ quan điều tra không có cơ sở để khởi tố xem xét trách nhiệm hình sự của ông Trí.