Cụ thể: trạm xử lý nước rác đã lắp đặt xong nhưng nước rác sau khi xử lý chưa đạt tiêu chuẩn. Công ty Môi trường đô thị đã yêu cầu Vermeer tiếp tục xử lý đến khi đạt tiêu chuẩn, nhưng phía Vermeer không đồng ý vì cho rằng trong biên bản ghi nhớ được ký kết ngày 27-11-2002 tại Hà Lan (Chính phủ vương quốc Hà Lan tài trợ; có đại diện Sở Giao thông công chánh, Sở Khoa học - công nghệ & môi trường TP.HCM tham gia) có yêu cầu phía VN trình cấp thẩm quyền cho phép miễn giảm tiêu chuẩn xả thải chỉ tiêu C.O.D với hàm lượng < 400mg/l (?).

Qui trình công nghệ trạm chiết xuất gas (lấy từ rác) và nhà máy điện chạy bằng gas đã xong phần lắp đặt nhưng vẫn chưa thể nghiệm thu vận hành vì hiện nay lượng khí gas thu được từ bãi chôn rác chưa đạt đủ khối lượng để cung cấp cho nhà máy điện hoạt động (?).

Ngoài ra, dự án đấu nối nhà máy này vào mạng lưới điện quốc gia cũng chưa có (mới trình Sở Giao thông công chánh xin ý kiến ngày 20-8-2003). Phía Vermeer cho rằng việc chậm trễ vận hành không phải lỗi do họ, nên yêu cầu phải được thanh toán hết phần còn lại của giá trị hạng mục này.

Được biết sau khi kết thúc hợp đồng chỉ có 49 ngày để giải quyết các tồn đọng về tài chính và thanh - quyết toán giá trị hợp đồng. Nếu quá thời hạn này, tức là đến ngày 10-10-2003, phần kinh phí tài trợ tồn đọng tại Ngân hàng Đầu tư Hà Lan (NIO) để thanh toán cho nhà thầu Vermeer sẽ bị từ chối.